| 年 代 | 月 日 | 学 校 の で き ご と |
| 明治６年 | ７月１日 | 極楽寺に藪原学校を創立 |
| ６年 | １０月 | 荻曾村に荻曾学校ができる |
| ７年 | ９月７日 | 藪原村、荻曾村、菅村が合併して木祖村となる |
| ９年 | ５月２８日 | 吉田に吉田支校、菅に菅支校をおいた |
| １１年 | 薬師堂の横に菅学校独立校舎を設立 | |
| １４年 | 菅学校、大火のため薬師堂と共に焼失し、民家を借りて授業を続ける | |
| １４年 | 長野県西筑摩郡第７番藪原小学校、第８番荻曾小学校と改める | |
| １５年 | ９月 | 公立藪原小学校、公立荻曾小学校と称することになる |
| １６年 | １１月１０日 | 木祖村が再び分村して藪原村、小木曾村、菅村となる |
| １８年 | ８月 | 藪原小学校に中等科、小木曾小学校と菅支校に初等科を置く |
| １９年 | １月 | 菅村吉田支校が小木曾村吉田支校となる |
| １９年 | ３月 | 長野県西筑摩郡第３番学区藪原尋常小学校と改称 |
| ２１年 | ７月 | 旧役場の場所に藪原尋常小学校を新築 |
| ２２年 | 三村が合併して再び木祖村となる | |
| ２２年 | 村立藪原尋常小学校、村立小木曾派出所、村立菅派出所となる | |
| ２５年 | ３月 | 村立尋常小学校小木曾分教場、村立尋常小学校菅分教場となる |
| ２５年 | ４月 | 村立尋常小学校に高等科（２ヵ年）を併置、村立木祖尋常高等小学校となる |
| ２６年 | ４月 | 村立木祖尋常高等小学校に木祖実業補習学校を併設 |
| ３１年 | ４月 | 村立木祖尋常高等小学校に高等科（４ヵ年）を併置 |
| ３３年 | 村立木祖尋常高等小学校を改築し、今の公民館の所へ移転 | |
| ４４年 | １１月２３日 | 菅分教場が移転し新築落成式を挙行 |
| 大正１２年 | 村立木祖尋常高等小学校を増築 | |
| １５年 | 村立木祖尋常高等小学校に青年訓練所を併置する | |
| １５年 | 小木曾分教場、菅分教場を増築 | |
| 昭和１０年 | ４月 | 村立木祖尋常高等小学校併設実業補習学校・青年訓練所を改め木祖青年学校を併設 |
| １６年 | ３月１０日 | 村立木祖尋常高等小学校の校旗を制定、入魂式を挙行 |
| １６年 | ４月１日 | 村立木祖国民学校となる |
| １９年 | １２月 | 村立木祖国民学校を改築、一部が移転し両校舎使用 |
| ２２年 | ４月１１日 | 村立木祖国民学校は村立木祖小学校、小木曾分教場は小木曾分校、菅分教場は菅分校とそれぞれ改称 |
| ２３年 | ６月 | 木祖小学校ＰＴＡ発足 |
| ２４年 | ４月３日 | 小木曾分校校舎増築 |
| ２９年 | ９月８日 | 木祖小学校新築校舎完成、落成式挙行・校章も現在のものとなる |
| ３１年 | １２月３日 | 木祖小学校本校で完全給食はじまる |
| ３５年 | ６月１５日 | 小木曾分校校舎落成式挙行 |
| ３９年 | ３月 | 木祖小学校校歌制定（作詞松井芒人・作曲中村太郎） |
| ４０年 | ４月１日 | 菅分校を廃止し本校に統合、スクールバス通学となる |
| ４４年 | ８月 | グランドに土入れ整備を行う |
| ４７年 | １１月５日 | 木祖小学校１００周年記念式典挙行 |
| ４８年 | ４月１日 | 小木曾分校を廃止し本校に統合、スクールバス通学となる |
| ５０年 | ５月２日 | 小木曾分校の樹木７０株を本校に移植 |
| ５１年 | １０月４日 | 木祖村給食センターを発足 |
| ５４年 | ４月１８日 | 校庭整備工事はじまる |
| ５６年 | 6月１２日 | 校舎お別れ式 |
| ５８年 | １０月１日 | 新校舎への引越全て完了 |
| ５８年 | １１月２０日 | 木祖小学校新校舎落成式 |
| ５９年 | プール改修工事 | |
| ６１年 | ３月２５日 | 相撲場完成（卒業記念） |
| ６２年 | １０月２２日 | 体力つくりの実践研究全国表彰受ける |
| 平成４ | ９月 | 学校週５日制の始まり（第２土曜日のみ） |
| ５ | ９月 | コンピュータ２５台設置 |
| ５ | １０月 | 校舎改築１０周年記念式典を挙行 |
| ６ | 体育館と特別教室棟の間に大型の陶芸窯を設置 | |
| ８ | ５月 | 土俵の補修工事行う |
| ８ | ８月２８日 | 味噌川ダム完成 竣工式（６年生が源流太鼓で参加） |
| １３ | 共生のまち推進事業により下水道整備、バリアフリー化工事完了 | |
| １４ |
「児童による児童のための情報発信事業」開始 |
